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Laboratório dentro do computador

Professor Guido Araújo, do Instituto de Computação (IC) da Unicamp, explica simulação computacional no avanço da "hard science"

Estudar um novo medicamento e sua interação com as moléculas do organismo doente não é mais algo feito com pipetas e tubos de vidro manejados por um cientista de branco em um laboratório. Entender os efeitos de um novo remédio é algo feito a partir de equações matemáticas.

"Em vez de ser no laboratório, é dentro do computador que é possível entender a interação entre os remédios e as moléculas", explica Guido Araújo, professor do Instituto de Computação (IC) da Unicamp.

"Modelos matemáticos descrevem a dinâmica das moléculas. Assim dá para ver se o remédio é efetivo ou não", diz.

As equações são tão precisas que refletem a realidade, segundo o professor. O computador tem ainda a vantagem de parar as interações e permitir o estudo detalhado dos processos.

"Em áreas de hard science como física e química, os problemas são muito difíceis e levariam bilhões de anos para serem resolvidos", afirma Guido.

Receita de bolo – Cada molécula tem, dentro de si, uma equação que diz quais são seus movimentos. O professor explica que a simulação computacional feita pelo eScience se dá como uma receita de bolo.

"Primeiro você pega uma molécula, resolve certa equação e depois pega o resultado e joga para uma segunda molécula, como uma receita em que se faz uma coisa de cada vez", diz.

Para maior agilidade na simulação molecular é feito o "processamento paralelo", que consiste em dividir o trabalho para que ganhar rapidez.

"Se estamos trabalhando com 2 mil moléculas, uma parte trabalha com moléculas de um a mil e o outro de 1001 a 2 mil", explica.

"Só colocar essas moléculas em determinados lugares já é um problema, porque há lugares impossíveis na realidade. É preciso um software também para isso, chamado Packmol, diz.

"O que me move é a curiosidade. Fico ansioso se não compreendo algo. E o computador é uma ferramenta muito boa para resolver problemas", declara Guido Araújo, que tem graduação, mestrado e doutorado em Engenharia Elétrica e PhD pela Universidade de Princeton (EUA).

 

Mariana Castro Alves é jornalista e bolsista Fapesp para divulgação do CEPID Centro de Pesquisa em Engenharia e Ciências Computacionais


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